作为高新技术企业，销售、进口货物和提供增值税应税服务都要依法缴纳增值税。这样就面临着纳税人身份的选择，是选择一般纳税人还是小规模纳税人。笔者认为选择小规模纳税人是一个更明智的选择。
(一)、产品附加值高，增值空间大
高新技术企业的产品大多是高附加值产品，毛利率可以达到60%以上。以此计算，如果你是一般纳税人，按17%的税率，税负会达到10%以上。
(2)企业可抵扣进项税额范围狭窄
高新技术企业产品作为高附加值产品，原材料比例较低，允许抵扣的进项税较少。但人工成本、专利权、非专利技术等无形资产无法获得抵扣增值税发票，增加了企业的负税收。
(3)小规模纳税人的征收率只有3%
根据新修订的增值税条例，小规模纳税人不再适用工商税率(6%和4%)，统一下调至3%。同时调整小规模纳税人标准，工商小规模纳税人应税销售标准分别由100万元和180万元降低到50万元和80万元。这一规定的调整无疑大大减轻了中小高新技术企业尤其是处于起步阶段的中小高新技术企业的税负。
(4)小规模纳税人在会计的成本较低
在目前的经营规模下，会计要实现从小规模纳税人向一般纳税人的转变，不可避免地要增加成本。比如增加会计的账本，培训或者雇佣相对高级别的会计人员等等。如果小规模纳税人因税收负担减轻而获得的收入不足以抵消这些成本，他们宁愿保持小规模纳税人的地位。